在目前条件下，政府对非营利组织的评估和评价，仍然是非营利组织评估的基础。通过政府的评估，得到政府积极的评价，是非营利组织得以生存和发展的根本前提。随着法制的进一步完善、政府对非营利组织管制的放松，以及利益关系人评估和社会评估机制的建立健全，政府对非营利组织评估的作用及其对非营利组织生存的影响会降低；但只要非营利组织的合法性需要通过登记来确认，政府评估的基础性地位就不会动摇。
政府评估的特点
政府评估与其他形式的评估比较，有自己的特点，如果说其他形式的评估主要在于评价非营利组织的质量，政府的评估则主要确定非营利组织的合法性和合格性。归纳起来，政府评估有以下3个特点：
标准的法定性。依法行政的法治原则要求政府对非营利组织评估的标准，必须具有规范的依据。《行政许可法》颁布实施后，对于评估标准的规范层级和效力的要求更高。
结果的责任性。政府对非营利组织的评估，是履行法定的监管职责，是一种执法行为，非营利组织如果不能通过政府组织的评估，总是伴随着法律上的责任。一般来说，以行政责任为主要责任形式，有可能是比较轻微的警示罚，如警告、限期改正，也有可能是相对严重的财产罚，最严重的是资格罚，可能导致非营利组织合法主体资格的丧失。政府的评估，可能伴随刑事责任的产生，或者民事责任跟随。
评估的可救济性。政府对非营利组织的评估是一种履行法定职责的具体行政行为，也就意味着评估结果具有可救济性。救济可以通过行政复议或者行政诉讼的方式解决。非营利组织认为政府有关部门的评估结果违法，或者有其他方面的瑕疵，可以依法救济，以便维护自己的合法权益。
政府评估的主要途径
登记管理机关的评估，主要通过年度检查的形式，也会通过日常检查的形式。
业务主管单位的评估，通过年度检查的形式。
税务部门的评估。关涉到非营利组织是否继续享受免税的资格，不仅仅是个税收优惠、促进发展的问题，也有如何通过税收手段规范管理的问题。
财政部门的会计评估。完善政府评估的建议
确保评估标准的科学性、法定性和客观性。评估标准可以通过依法确立来保障。
确保评估程序公开、透明、公信、平等。确保好标准能够得到好的执行，这需要大的法制环境来保障。
确保救济途径的畅通，是对权利的保障，也是对权力的制约，通过保障权利制约权力，通过制约权力保障权利。这涉及到谁来评估评估者的问题。
